常用命令
echo 1 > /proc/sys/vm/drop_caches && echo 2 > /proc/sys/vm/drop_caches && echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches
QE
使用intel mpi Ultrasoft PP 与 PAW 近亲 cif2cell -h cif2cell Si.cif ! 查看结构信息 cif2cell Si.cif -p quantum-espresso xcrysden ！输入输出文件 mpirun -np 36 pw.x < h2.relax.in > h2.relax.out ！运行QE mpirun -np 36 pp.x < pp.in > pp.out
OPT--------------------------
grep ! sic.vc-relax.out "Begin final coordinates" "Total energy" ！之间为结构优化结果 grep P= si.vc-relax.out
HSE wannier band----------------------
mpirun -np 36 pw.x < h2.relax.in > h2.relax.out ! 结构优化 mpirun -np 36 pw.x < h2.scf-hse.in > h2.scf-hse.out ! HSE自洽 ! cp ../sc.win ./sc.win ! 根据hw.scf-hse.out 修改sc.win文件,k path; k points等 wannier90.x -pp sc ! 生成sc.nnkp mpirun -np 36 pw2wannier90.x < pw2wan.inp > pw2wan.out ! ! gedit sc.win ! 将sc.win中的!bands_plot = .true.注释叹号删去 wannier90.x sc ! 生成计算数据 xmgrace sc_band.dat ! 绘图
HSE wannier band----------------------
===================ORCA=====================
===================ORCA=====================
ORCA使用的是OPENMPI 在~/.bashrc中注释切换后需要重启
orca 1a.inp > 1a.out --allow-run-as-root
VASP
vasp使用的是INTEL mpirun 在~/.bashrc中注释切换后需要重启
结构优化--------------------------
mpirun -np 36 vasp # 运行vasp grep RMS OUTCAR # 查看优化过程 cp CONTCAR POSCAR #
p4v xmgrace vaspkit
grep -A3 'NGX' OUTCAR
formchk X.chk
cat /home/sob/vasp.5.4.4/Pseudopotentials/PAW_PBE/C/POTCAR /home/sob/vasp.5.4.4/Pseudopotentials/PAW_PBE/N/POTCAR /home/sob/vasp.5.4.4/Pseudopotentials/PAW_PBE/Fe/POTCAR /home/sob/vasp.5.4.4/Pseudopotentials/PAW_PBE/O/POTCAR > POTCAR
Dimer and CI-NEB----------------------------------------------------
dist.pl IS FS #计算插值,插入数目n为计算值除以0.8，能被36整除 nebmake.pl IS FS 3 #3为n值,INCAR中IMAGE设为n mpirun -np 36 vasp #计算过渡态 nebvtst.py 3 #看计算结果 exfreq.py -i #查找虚频 grep f/i OUTCAR freqmov.py freq10 freq11 30 1 #生成虚频 vmd freq10.xyz #查看虚频，哪个是要的。
DIMER-----------------------
mkdir dimer cp POSCAR.vasp ./dimer/POSCAR cp freq12 ./dimer/freq12 modemake.py freq12 0.5 admin@27 vb86shn03wq28
GROMACS
0---------------------------
python acpype.py -i Ligand.mol2 -n 0
说明：调用前把acpype.py文件拷到当前目录 调用antechamber生成小分子力场文件。GAFF力场，AM1-BCC电荷
1---------------------------
gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh
说明: 产生拓扑文件，输入文件 -f protein.pdb 输出文件 -o protein.gro, 忽略文件中的氢.
1'---------------------------
gmx genrestr -f Ligand_GMX.gro -o posre_Ligand.itp
- ifdef POSRES
- include "posre_Ligand.itp"
- endif
2---------------------------
gmx editconf -f complex.gro -o protein_box.gro -d 0.8 -bt cubic
说明：设置盒子，-d盒子边界离体系多远，至少cutoff的一半，-bt盒子类型
3---------------------------
gmx solvate -cp protein_box.gro -o protein_SOL.gro -p topol.top
说明：添加溶剂，-cp输入文件，-o输出文件，-p新拓扑文件。
4---------------------------
gmx grompp -f em.mdp -c protein_SOL.gro -p topol.top -o em.tpr
说明：产生tpr文件
5---------------------------
gmx genion -s em.tpr -p topol.top -o system.gro -neutral
说明：加Na+,Cl- 选择替换掉的部分。选择SOL
6---------------------------
gmx grompp -f em.mdp -c system.gro -p topol.top -o em.tpr
说明：做能量极小化tpr
7---------------------------
gmx mdrun -v -deffnm em
说明：运行能量极小化，500步不收敛问题也不大。
8---------------------------
gmx grompp -f pr.mdp -c em.gro -p topol.top -o pr.tpr
说明：生成对蛋白做限制性动力学文件，水弛豫开之前蛋白不乱动。
9---------------------------
gmx mdrun -v -deffnm pr
说明：运行限制动力学。
9'----------------------------
gmx make_ndx -f pr.gro name 14 protein_lig name 15 envir
10---------------------------
gmx grompp -f md.mdp -c pr.gro -p topol.top -o md.tpr -n index.ndx -maxwarn 10
说明：生成长时动力学文件。
11---------------------------
gmx mdrun -v -deffnm md
说明：运行长时动力学。
12---------------------------
gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -o md_nowat.xtc
说明：产生去除水的轨迹，选择non-water
13---------------------------
gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -o md_nowat.gro
说明：产生去除水的结构，选择non-water
（1）---------------------------
gmx mindist -f md.xtc -s md.tpr -pi
说明：RMSD分析,选择Protein，选择Protein
说明：检查蛋白与镜像间距，选择Protein
14---------------------------
gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_protein.xvg 作图命令：x rmsd_protein.xvg
15---------------------------
gmx rmsf -f md.xtc -s md.tpr -o rmsf_protein.xvg -oq bfac.pdb -res
说明：RMSF分析,选择Protein 作图命令：x rmsd_protein.xvg
16---------------------------
gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -dist -ang -life -nhbdist -hbn -hbm
Tip: Hband
17---------------------------
gmx rama -f md.xtc -s md.tpr
Tip: Ramachandran
18---------------------------
gmx do_dssp -f md.xtc -s md.tpr
Tip:
19---------------------------
gmx sasa -f md.xtc -s md.tpr -surface 'group protein' -output '"Hydrophobic" group protein and charge {-0.2 to 0.2}; "Hydrophilic" group protein and not charge {-0.2 to 0.2}'
Tip:
20---------------------------
gmx mdmat -f md.xtc -s md.tpr
Tip:
gmx insert-molecules -f 1a_box.gro -ci DMSO_GMX.gro -o complex.gro -nmol 5000
gmx insert-molecules -box 5 5 5 -ci ethano_gmx.gro -o ethanolbox.gro -nmol 512
gmx make_ndx -f eq.gro
gmx trjconv -f eq.xtc -n index.ndx -o eq_UFF.xtc -pbc mol -s eq.tpr
gmx grompp -f em.mdp -c complex.gro -p mix.top -o em.tpr -maxwarn 10
gmx mdrun -v -deffnm em
gmx grompp -f eq.mdp -c em.gro -p mix.top -o eq.tpr -maxwarn 10
gmx mdrun -v -deffnm eq