常用命令

CentOS

清理内存：

   echo 1 > /proc/sys/vm/drop_caches && echo 2 > /proc/sys/vm/drop_caches && echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches

QE

使用intel mpi Ultrasoft PP 与 PAW 近亲 cif2cell -h cif2cell Si.cif ! 查看结构信息 cif2cell Si.cif -p quantum-espresso xcrysden ！输入输出文件 mpirun -np 36 pw.x < h2.relax.in > h2.relax.out ！运行QE mpirun -np 36 pp.x < pp.in > pp.out

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OPT--------------------------

grep ! sic.vc-relax.out "Begin final coordinates" "Total energy" ！之间为结构优化结果 grep P= si.vc-relax.out

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HSE wannier band----------------------

mpirun -np 36 pw.x < h2.relax.in > h2.relax.out ! 结构优化 mpirun -np 36 pw.x < h2.scf-hse.in > h2.scf-hse.out ! HSE自洽 ! cp ../sc.win ./sc.win ! 根据hw.scf-hse.out 修改sc.win文件,k path; k points等 wannier90.x -pp sc ! 生成sc.nnkp mpirun -np 36 pw2wannier90.x < pw2wan.inp > pw2wan.out ! ! gedit sc.win ! 将sc.win中的!bands_plot = .true.注释叹号删去 wannier90.x sc ! 生成计算数据 xmgrace sc_band.dat ! 绘图

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HSE wannier band----------------------

ORCA

ORCA使用的是OPENMPI 在~/.bashrc中注释切换后需要重启

orca 1a.inp > 1a.out --allow-run-as-root

VASP

vasp使用的是INTEL mpirun 在~/.bashrc中注释切换后需要重启

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结构优化--------------------------

mpirun -np 36 vasp # 运行vasp grep RMS OUTCAR # 查看优化过程 cp CONTCAR POSCAR #

p4v xmgrace vaspkit

grep -A3 'NGX' OUTCAR

formchk X.chk

cat /home/sob/vasp.5.4.4/Pseudopotentials/PAW_PBE/C/POTCAR /home/sob/vasp.5.4.4/Pseudopotentials/PAW_PBE/N/POTCAR /home/sob/vasp.5.4.4/Pseudopotentials/PAW_PBE/Fe/POTCAR /home/sob/vasp.5.4.4/Pseudopotentials/PAW_PBE/O/POTCAR > POTCAR

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Dimer and CI-NEB----------------------------------------------------

dist.pl IS FS #计算插值,插入数目n为计算值除以0.8，能被36整除 nebmake.pl IS FS 3 #3为n值,INCAR中IMAGE设为n mpirun -np 36 vasp #计算过渡态 nebvtst.py 3 #看计算结果 exfreq.py -i #查找虚频 grep f/i OUTCAR freqmov.py freq10 freq11 30 1 #生成虚频 vmd freq10.xyz #查看虚频，哪个是要的。

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DIMER-----------------------

mkdir dimer cp POSCAR.vasp ./dimer/POSCAR cp freq12 ./dimer/freq12 modemake.py freq12 0.5 admin@27 vb86shn03wq28

GROMACS

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0---------------------------

python acpype.py -i Ligand.mol2 -n 0

说明：调用前把acpype.py文件拷到当前目录 调用antechamber生成小分子力场文件。GAFF力场，AM1-BCC电荷

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1---------------------------

gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh

说明: 产生拓扑文件，输入文件 -f protein.pdb 输出文件 -o protein.gro, 忽略文件中的氢.

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1'---------------------------

gmx genrestr -f Ligand_GMX.gro -o posre_Ligand.itp

1. ifdef POSRES
2. include "posre_Ligand.itp"
3. endif

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2---------------------------

gmx editconf -f complex.gro -o protein_box.gro -d 0.8 -bt cubic

说明：设置盒子，-d盒子边界离体系多远，至少cutoff的一半，-bt盒子类型

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3---------------------------

gmx solvate -cp protein_box.gro -o protein_SOL.gro -p topol.top

说明：添加溶剂，-cp输入文件，-o输出文件，-p新拓扑文件。

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4---------------------------

gmx grompp -f em.mdp -c protein_SOL.gro -p topol.top -o em.tpr

说明：产生tpr文件

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5---------------------------

gmx genion -s em.tpr -p topol.top -o system.gro -neutral

说明：加Na+,Cl- 选择替换掉的部分。选择SOL

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6---------------------------

gmx grompp -f em.mdp -c system.gro -p topol.top -o em.tpr

说明：做能量极小化tpr

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7---------------------------

gmx mdrun -v -deffnm em

说明：运行能量极小化，500步不收敛问题也不大。

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8---------------------------

gmx grompp -f pr.mdp -c em.gro -p topol.top -o pr.tpr

说明：生成对蛋白做限制性动力学文件，水弛豫开之前蛋白不乱动。

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9---------------------------

gmx mdrun -v -deffnm pr

说明：运行限制动力学。

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9'----------------------------

gmx make_ndx -f pr.gro name 14 protein_lig name 15 envir

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10---------------------------

gmx grompp -f md.mdp -c pr.gro -p topol.top -o md.tpr -n index.ndx -maxwarn 10

说明：生成长时动力学文件。

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11---------------------------

gmx mdrun -v -deffnm md

说明：运行长时动力学。

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12---------------------------

gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -o md_nowat.xtc

说明：产生去除水的轨迹，选择non-water

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13---------------------------

gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -o md_nowat.gro

说明：产生去除水的结构，选择non-water

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（1）---------------------------

gmx mindist -f md.xtc -s md.tpr -pi

说明：RMSD分析,选择Protein，选择Protein

说明：检查蛋白与镜像间距，选择Protein

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14---------------------------

gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_protein.xvg 作图命令：x rmsd_protein.xvg

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15---------------------------

gmx rmsf -f md.xtc -s md.tpr -o rmsf_protein.xvg -oq bfac.pdb -res

说明：RMSF分析,选择Protein 作图命令：x rmsd_protein.xvg

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16---------------------------

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -dist -ang -life -nhbdist -hbn -hbm

Tip: Hband

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17---------------------------

gmx rama -f md.xtc -s md.tpr

Tip: Ramachandran

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18---------------------------

gmx do_dssp -f md.xtc -s md.tpr

Tip:

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19---------------------------

gmx sasa -f md.xtc -s md.tpr -surface 'group protein' -output '"Hydrophobic" group protein and charge {-0.2 to 0.2}; "Hydrophilic" group protein and not charge {-0.2 to 0.2}'

Tip:

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20---------------------------

gmx mdmat -f md.xtc -s md.tpr

Tip:

gmx insert-molecules -f 1a_box.gro -ci DMSO_GMX.gro -o complex.gro -nmol 5000

gmx insert-molecules -box 5 5 5 -ci ethano_gmx.gro -o ethanolbox.gro -nmol 512

gmx make_ndx -f eq.gro

gmx trjconv -f eq.xtc -n index.ndx -o eq_UFF.xtc -pbc mol -s eq.tpr

gmx grompp -f em.mdp -c complex.gro -p mix.top -o em.tpr -maxwarn 10

gmx mdrun -v -deffnm em

gmx grompp -f eq.mdp -c em.gro -p mix.top -o eq.tpr -maxwarn 10

gmx mdrun -v -deffnm eq